办理房屋主体结构安全鉴定通常需要选择具备相关资质和经验的工程咨询公司、建筑设计院、建筑结构检测机构等单位。以下是一些常见的房屋主体结构安全鉴定机构：

建筑设计院：具备建筑设计和结构计算能力的设计院，通常拥有的结构工程师和技术团队，能够进行房屋主体结构的安全鉴定和评估。

工程咨询公司：从事工程咨询和技术服务的公司，拥有相关资质和技术实力，能够提供房屋主体结构安全鉴定的服务。

建筑结构检测机构：专门从事建筑结构检测和评估的机构，拥有相关的检测设备和技术人员，能够进行房屋主体结构的实地检测和鉴定。

建筑科研院所：具备建筑科研和技术研发能力的科研院所，通常拥有的研究团队和实验设备，能够进行房屋主体结构的研究和评估。

在选择房屋主体结构安全鉴定机构时，应注意选择具备相关资质和经验的单位，确保其能够提供准确可靠的鉴定服务。可以参考相关行业协会或的推荐和认可，以选择信誉良好的单位进行合作。同时，了解鉴定机构的能力、项目经验和客户评价等方面的信息，有助于做出更好的选择。